生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體為來源并經無害化處理、腐熟的有機物復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。它既不是傳統的有機肥，也不是單純的菌肥，是二者的有機結合體，它是以自然中的有機物為基質，配合適量的營養元素，還含有特定的功能微生物，這是該類產品的本質特征。其有機質載體大多為各種作物秸稈、礦源腐植酸（泥炭、褐煤、風化煤）、畜禽糞便、生活垃圾等有機廢棄物。所含有的微生物表現出一定的肥料效應，如具有增進土壤肥力、制造和協助農作物吸收養分、活化土壤中難溶的化合物供作物吸收利用等功效，或可產生多種活性物質和抗菌抑制病害物質，對農作物的生長有良好的刺激與調控作用，可減少或降低作物病蟲害的發生，以及改善農產品品質。
生物有機肥的作用機理有以下幾個方面：
1、生物有機肥富含有機營養和無機養分
生物有機肥是在微生物作用下通過生物化學過程生產出的肥料，因此，其中含有氨基酸、蛋白質、糖、脂肪、胡敏酸等各種有機養分。生物有機肥還含有一定量的氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫及微量元素，同化肥相比，具有不偏肥、不缺素、穩定供應、長效等特點。
2、生物有機肥富含各種生理活性物質
生物有機肥中添加了特定的功能菌，生物有機肥中含有維生素、氨基酸、核酸、吲哚乙酸、赤霉素、輔酶、腐植酸及多種有機酸等生理活性物質，這些物質能夠刺激作物根系生長，提高作物的光合能力，作物根系發達，生長健壯。腐植酸能與磷形成絡合物，有效防止土壤對磷的固定，容易被作物吸收，還能將土壤中的無效磷活化。微生物酵素堆肥過程中有機物分解產生的草酸、酒石酸、乳酸、蘋果酸、乙酸、檸檬酸、琥珀酸等有機酸對難溶性的磷具有較強的活化作用。此外，生物有機肥還含有抗生素類物質，能提高作物的抗病能力。
3、生物有機肥具有肥效緩釋作用
在酵素堆肥過程中，微生物的繁殖吸收了化肥中的無機氮和磷，轉化成菌體蛋白、氨基酸、核酸等成分，一部分極易揮發的氨被微生物增殖過程中產生的代謝產物如有機酸所固定，部分氨則被有機廢棄物的降解產物如黃腐酸（FA）、腐植酸（HA）等所固定。部分礦質養分被吸持在微生物的莢膜中，如硅酸鹽細菌莢膜和菌體吸收鉀的功能使得鉀的流失量減少一半。部分有機態氮包括微生物菌體在土壤中再經礦化轉變為可以被作物直接吸收利用的無機含氮化合物，從而達到緩釋效果，減少化肥流失，提高化肥利用率。
4、生物有機肥富含有益微生物菌群
一生物肥都含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加入功能菌的生物有機肥還可能含有固氮菌、磷細菌、鉀細菌、光合細菌、假單胞菌等一些根際促生菌（PGPR）。這些菌除了具有產生大量生理活性物質的能力外，有的還具有固氮、解磷、解鉀的能力，有的具有抑制植物根際病原菌的能力，有的可能具有改善植物根際微生態環境的能力。如光合細菌能顯著改善土壤中的微生物區系，使土壤中的固氮菌、放線菌、根瘤菌等的數量增加，土壤中的真菌數量減少。固氮菌的增殖增進了土壤微生物固氮，增加了土壤中生長刺激素和病菌抑制物的含量；放線菌的增殖有利于清除和防治有寄生性真菌引起的植物病害；根瘤菌的增加有利于豆科植物結瘤固氮。
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